Durante los tres años posteriores a la finalización de los trabajos, se llevará a cabo un programa de seguimiento del estado ecológico en el río Manzanares y en el arroyo de la Trofa. Dicho seguimiento comenzará a medida que se vayan finalizando las distintas actuaciones proyectadas y evaluará el efecto de las medidas tomadas sobre el estado ecológico de la masa de agua, el estado hidromorfológico, el estado de la vegetación, los peces, la avifauna, el topillo de Cabrera y la carga cinegética.