Desde la finalización de la Fase I y hasta finales de 2019 se han estado realizando una serie de actuaciones destinadas a asegurar la conservación y mantenimiento de las medidas tomadas y así, mantener los efectos positivos perseguidos.

Desde la finalización de la Fase I se ha estado realizando un programa de seguimiento del estado ecológico en el río Manzanares y en el arroyo de la Trofa. Dicho seguimiento se ha ido implementando a medida que se han ido finalizando las distintas actuaciones proyectadas y ha permitido evaluar el efecto de las medidas tomadas sobre el estado ecológico de la masa de agua, el estado hidromorfológico, el estado de la vegetación, los peces, la avifauna, el topillo de Cabrera y la carga cinegética.